Dissidia 012 raconte l'histoire du douzième cycle de guerre entre les guerriers invoqués par les dieux Cosmos et Chaos, symboles respectivement de l'Harmonie et de la Destruction. Le jeu permettra de faire avancer l'histoire via un nouveau genre de Destiny Odysseys (désormais sous forme d'une carte à l'instar des premiers Final Fantasy), toutefois les déplacements dans les "donjons" se feront toujours à l'aide de plateaux. Cependant à celles des Héros seront ajoutées celles des guerriers de Chaos. L'objectif principal consistera à expliquer ce qui est arrivé aux divers nouveaux personnages telles que Lightning ou Tifa ou le changement de camps de Tidus et Tina, et surtout la raison de leur absence dans Dissidia, soit dans le treizième cycle.

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On peut voir que Cloud, Tidus et Tina sont dans du Chaos et certains personnages du Chaos comme Jecht feront partie du groupe du Cosmos.

Mais, y a quelques chose qui va pas quand Tifa ce fait attaqué par Sephiroth, Cloud la protège pourquoi normalement Tifa et Cloud doivent être ennemis. Ils ont dans deux groupes différents.