Sephiroth à été considéré pendant de nombreuses années comme la personne la plus puissante du groupe SOLDAT, le corps d'élite de la Shinra. Ses habilités sont surprenantes, jusqu'au point dans lequel il peut mettre un terme à un dragon en peu de temps. De plus son arme préférée est la Masamune une épée de trois mètres de longueur et vingt cetimètres de largeur, elle est tellement puissante que lui seul peut la manier.
Sephiroth à le pouvoir suffisant pour détruire ses ennemis sans aucune aide, ainsi que les dangereux monstre qui habitent dans la Montagle de Nibelheim. Dans une excursion de la Shin-Ra dans l'usine de Mako à Nibelheim (Village de Cloud Strife), auquel Cloud lui même à assisté comme Soldat ainsi que Zack un autre Soldat de 1ere Classe, et guidés par une jeune fille nommé Tifa Lockhart, Sephiroth en plus de démontrer ses capacités insurmontables en combat, découvre des capsules étranges dans le réacteur.


A l'intérieur y a des créatures humanoïdes, des monstres créés par Hojo. Il découvre un réacteur nommée "Réacteur de Jénova", et ce nom est celui de sa "mère". En retournant au peuple, il fait des recherches sur toutes les notes du Professeur Gast, et ceci lui fait comprendre qu'il avait été créé par une expérience. Il trouve que dans les analyses de Gast, croyaient que Jénova était une Cetra, aussi connus comme Personnes, une race magique qui à habité la planète avant les hommes, et qu'ils étaient capables de communiquer avec l'esprit de la planète : le Courant Vital.


Au milieu de la nuit, Sephiroth a détruit tout le peuple de Nibelheim en mettant un terme. Dans son pas destructif il frappe Zack, l'ami de Cloud contre une des capsules.


La jeune Tifa essaye de venger de Sephiroth en utilisant son arme propre, mais la Masamune est très difficile à manier pour tout le monde sauf pour Sephiroth, et il lui renvoie son attaque presque mortelle. Dés que Sephiroth entre dans le réacteur de Jénova il trouve une créature d'un aspect féminin, Jénova.


Sephiroth porte la tête de Jénova avec lui et elle tombe dans le Mako au fond du réacteur. Selon l'histoire original de Final Fantasy VII, ça été Cloud lui-même qui l'a lancé après être traversé par l'épée. Selon la nouvelle version de l'histoire, vue déjà dans l'OAV de Last Order, ça été Sephiroth lui-même qui l'a lancé. Après avoir tombé dans le Courant Vital, il a été entraîné par elle jusqu'au Cratère du Nord.


Depuis lors, grâce au pouvoir obtenu dans le Courant Vital et à la connaissance obtenue par les Cetra, Sephiroth élabore un plan : celui d'utiliser la Matériat Noire pour invoquer le Météor et causer ainsi un grand mal à la planète, tellement grande que tout le Courant Vital de la planète s'accumula au même endroit pour guérir le mal, cela lui était possible à lui d'absorber toute son énergie devenant un être de grande puissance, comme un Dieu. Ce point est polémique, puisque beaucoup de théories affirmaient que l'esprit qui à conçu le plan était Jénova. Toutefois, il a déjà été confirmé par Final Fantasy Ultimania Oméga Guide que tout les plan a été de Sephiroth, et il a été manipulé par Jénova pour obtenir ses plans en profitant de la possibilité des cellules de Jénova de changer d'aspect.
Jénova échappe a Midgar, où elle avait été tranférée depuis la Montagne de Nibelheim et depuis ce moment elle commencera à chercher la Matériat Noir pour l'apporté à Sephiroth, en ce faisant passer par lui à tout moment. A un certain moment de l'histoire, Sephiroth assassine Aerith dans la cités des Anciens par Jénova (souvenez vous que le véritable Sephiroth c'est toujours trouver au Cratère Nord) tandis que Aerith invoquait le pouvoir de la Matériat Blanche, Holy, le seul pouvoir qui pouvait détruire le Méteor.


Cloud et le reste du groupe parviennent à enlever la Matériat Noir à Jénova juste avant qu'il le donne à Sephiroth, mais Cloud lui-même sera celui qui la lui livra après êre contrôlé par Jénova grâce à ces cellules qu'il possèdait aussi depuis cinq années. Cloud et le reste du groupe fond face à Sephiroth dans le cratère Nord. Là ou ils mettent en échec à Jénova Synthèse (La transformation complète de Jénova grâce à la Réunion, ou elle à parvenu à rassembler la tête, corps et cellules dipersées dans les clones de Sephiroth), et à Sephiroth lui-même, qui était là occupé d'essayer d'éviter la magie Holy invoquée par Aerith puisse agir contre le Météor.