Roxas, le simili de Sora, n'a aucun souvenir, il ne sait ni ce qu'il est ni où il doit aller. Un homme vêtu d'un manteau noir se présente alors à lui, lui donne son nom et le fait entrer dans l'Organisation XIII. Il fera la rencontre des autres membres de ce groupe, notamment d'Axel et d'une mystérieuse personne débutant également dans l'organisation du nom de Xion...